home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ The CICA Windows Explosion! / The CICA Windows Explosion! - Disc 2.iso / misc / cyril114.zip / CY114DEM.EXE / OXFORD.PED < prev    next >
Text File  |  1993-12-23  |  3KB  |  45 lines
  1. oxford.ped  Example of an Oxford format input file for CYRILLIC
  2. R  16 2
  3. loci
  4. * Batten
  5. A D16S159      16.17    ( 16 18 p122 )         < 3 >
  6. B D16S294      16.28    ( 26 31 p12.1 )        < 2 >
  7. Z
  8.                               *   S159  S294
  9.  Fam    iden  ind  pat mat  x a   A     B
  10.                                     1     2
  11.  103    pat    1    0    0  M C   3-3   2 1
  12.  103    mat    2    0    0  F C   2-1   1 2
  13.  103    Pa     3    1    2  . A   3-2   1 1
  14.  103    Pb     4    1    2  . A   3-1   2 2
  15. 999 
  16.  
  17. Description of the  Oxford  format as implemented in CYRILLIC.
  18.  
  19. line 1          Description of the file contents.  This line must be present but is used for documentation only.
  20. line 2          Column 1 may contain either R, D, X, or C.  These letters imply that the disease locus is recessive,
  21.                     dominant, X-linked, or codominant respectively.  This letter must be followed by one or more
  22.                     spaces ant then the chromosome number, X, or Y.  This is followed by any number of spaces,
  23.                     and then the number of markers.
  24. line 3          'loci' in columns 1-4.
  25. line 4....      The marker names, which may use the format described in the section on inputting markers from files.  The
  26.                     minimum information is a letter in column 1, followed by one or more spaces and then 
  27.             the name of the marker.  Any line beginning with an  *  is assumed to contain the name of the disease locus 
  28.             as the next item.  Any other text on the line is ignored.
  29. Z             End of locus list. Must be a capital and in first column.
  30. line n          This is for documentation and may contain abbreviations for the markers to identify the columns.
  31. line n+1    This can be used to identify the columns.
  32. line n+2      This line can contain the locus order to be assumed.  Note that CYRILLIC ignores lines n,n+1, and n+2, but they must be present. 
  33.                 Accordingly, they can be used for documentation.  This means that the marker loci must be in
  34.                 the order given by their order in the file.
  35. lines n+3.....  Family data.  This is presented on one line per individual.  The sequence is familyID; identifier (may
  36.                     be pat, mat etc. but can be any space-free string of up to six characters and is added to the
  37.                     CYRILLIC  identifier  field); fatherID, motherID, sex ( may be 1=Male, 2=Female,
  38.                     .=unknown); affection status (0=unaffected, 1=affected, 2=unknown, c=carrier, a=affected,
  39.                     u=unknown); followed byt the phenotypes.  There must be as many phenotypes as there are
  40.                     markers.  The coding is either the LINKAGE numbered alleles format (i.e. two numbers
  41.                     separated by one or more spaces giving the allele numbers), or two numbers separated by  - .
  42. Between families    place a line starting with 0 ( zero ). The rest of the line is ignored and can be used for comments.
  43. Last line of file   Must start with "999 ".
  44. After 999 any comments may be added for documentation.
  45.